В Таджикистане экологическое состояние Сырдарьи вызывает опасения: из-за остановки половины генераторов на Кайраккумской ГЭС началось обмеление реки - приток воды уменьшился на треть. Кроме того, тысячи тонн ила, мусор и камыш - вместо быстрого водяного потока. Местные экологи проводят регулярные наблюдения. По их мнению, то, что сейчас происходит на Сырдарье, нельзя назвать катастрофой. Поскольку рыба и водоросли остались. Но специалисты обеспокоены скоплением бактерий в воде.
Река Сырдарья является главной водной артерией Средней Азии: от качества воды в ней зависит экологическая система не только Таджикистана, но и соседних стран - Узбекистана, Туркменистана и Казахстана. В связи с этим таджикские экологи обратились в правительство с просьбой выделить деньги и технику для очистки дна реки. Также экологи не отказываются и от помощи спонсоров. В последний раз дно Сырдарьи городские власти Худжанда чистили три года назад.